棉花补贴的发放通常由县政府主管农业部门负责组织。补贴资金由财政部门负责拨付、清算和监督，农业发展银行负责补贴资金专户设置和柜台划拨监督，而供销社和财政部门共同负责补贴资金的使用管理。具体到发放过程，农户需要向当地县政府农业部门递交补贴申请，经过审核无误后，补贴将发放到农户的银行账户。
